关于世界上五种现存犀牛物种之间的关系，有一个古老的问题可以追溯到达尔文时代。很难得到答案的一个原因是大多数犀牛在更新世之前就灭绝了。现在，8 月 24 日在《细胞》杂志上发表报告的研究人员通过分析所有五种现存物种的基因组以及三种古老和灭绝物种的基因组，帮助填补了犀牛进化家谱中的空白。
研究结果表明，最古老的分裂在大约 1600 万年前将非洲和欧亚世系分开。他们还发现——虽然如今日益减少的犀牛种群比过去具有更低的遗传多样性和更多的近亲繁殖——但犀牛在历史上的遗传多样性水平较低。
古遗传学中心的 Love Dalén (@love_dalen) 说：“我们现在可以证明，犀牛生命之树的主要分支位于地理区域之间，即非洲与欧亚大陆之间，而不是具有一角和两角的犀牛之间。”和瑞典自然历史博物馆。“第二个重要发现是，所有犀牛，即使是已灭绝的犀牛，其遗传多样性都相对较低。在某种程度上，这意味着我们在当今濒临灭绝的犀牛中看到的低遗传多样性部分是由于他们的生物学。
丹麦哥本哈根大学的 Mick Westbury (@Mick2474) 说：“在过去的 200 万年里，所有八种物种通常都表现出种群规模持续但缓慢的减少，或者在很长一段时间内种群规模持续缩小。”“持续低的种群规模可能表明犀牛通常适应低水平的多样性。”
这一观点与近几十年来犀牛明显缺乏累积的有害突变是一致的。韦斯特伯里说，犀牛可能在过去 100 年里清除了有害突变，使它们能够保持相对健康，尽管遗传多样性很低。
这项新研究的灵感来自一次科学会议。哥本哈根大学的 Dalén 和 Tom Gilbert 一直在分别研究不同的犀牛物种。他们意识到，如果他们联合起来，与世界各地的同事一起，他们可以对所有现存的犀牛和在上一个冰河时代灭绝的三个物种进行比较研究。
北京中国农业大学的 Shanlin Liu 说，有一些挑战需要克服。“当我们决定将所有犀牛的数据放在一起并进行比较基因组学研究时，我们也遇到了‘大数据’问题，”刘解释说。
基因组数据代表了不同的数据类型，部分原因是包含了现代和古代 DNA。该团队必须开发新的分析工具来考虑这些差异。他们开发的新方法和工具现在可以应用于其他分类群的研究。
达伦说，这些发现“部分是好消息，部分不是。”犀牛的低水平遗传多样性似乎是它们长期历史的一部分，并没有导致与近亲繁殖和致病突变相关的健康问题增加。
“然而，我们还发现，与我们的历史和史前犀牛基因组相比，当今的犀牛具有较低的遗传多样性和较高的近亲繁殖水平，”他说。“这表明最近由于狩猎和栖息地破坏造成的人口下降对基因组产生了影响。这不好，因为低遗传多样性和高近亲繁殖可能会增加当今物种灭绝的风险。”
研究人员说，这些发现确实对犀牛保护有一些实际意义。
“现在我们知道，我们在当代个体中看到的低多样性可能并不表明无法恢复，而是犀牛的自然状态，”韦斯特伯里说。“我们可以更好地指导恢复计划将重点放在增加种群规模而不是个体遗传多样性上。”
该团队希望新发现将有助于继续研究犀牛及其保护。Dalén 报告说，他的团队现在正在对已灭绝的羊毛犀牛进行更深入的研究。与此同时，韦斯特伯里参与将近期种群规模减少之前采样的非洲黑犀牛的基因组与当代个体的基因组进行比较。
“我们希望这将提供一个框架，以更好地了解易地种群的起源、遗传多样性的直接变化，以及是否有任何种群可能因人类而永远消失，”韦斯特伯里说。
