全省农业系统按照建设鄱阳湖生态经济区的总体要求和部署，科学规划畜禽养殖布局，积极探索畜禽粪污治理模式，加快畜禽养殖场标准化改造。通过三年多的努力，全省有3000多家规模养猪场完成了粪污治理改造，建设了205家标准化示范场，规模化畜禽养殖场粪污无害化处理率达73%、资源化利用率达67%，标准化规模养殖水平骤升，规模养殖污染得到了有效控制。
2009年，省农业厅在全国率先开展“爱我美好家园千场万户畜禽清洁生产行动”。全省以五河一湖和畜禽养殖主产县为重点区域，以污染最为严重的生猪产业为突破口，以粪污无害化处理与废弃物资源化利用为关键，推行清洁生产、循环利用，实现粪污减量化、无害化和资源化，建立畜牧业与种植业相统一的农业生态体系。三年来，全省投入财政资金5.5亿元，对1318个生猪、蛋鸡、肉鸡、奶牛等规模养殖场实施了标准化改造；投入财政资金5.65亿元，实施大中型沼气工程项目500余个。同时，将生猪调出大县奖励资金重点用于标准化规模养殖场改造，带动了社会和民间资金的注入，形成了多元投资发展畜禽标准化规模养殖的良好局面。
各地根据本行政区域畜牧业发展现状、资源条件、经济技术水平和土地承载能力，科学规划布局，划定畜禽禁养区、限养区和可养区，严禁在禁养区内建设畜禽养殖场，对已有的畜禽养殖场，限期搬迁或关闭，并给予合理补偿；限养区内实行进出平衡，严格控制新建、扩建畜禽规模养殖场；可养区内核定畜禽承载总量，按规划建设养殖场。同时，省农业厅组织有关科研院校、技术推广等部门的专家，成立了畜禽清洁生产技术专家组，加强技术指导和服务，总结和推广了一批先进适用工艺和模式。
