自然保护区建设是我国生态建设的重要内容，是保护生物多样性的重要举措。自1956年我国建立第一批自然保护区以来，经过60多年的努力，自然保护区在保护生物多样性、保存自然遗产、改善生态环境和维护国家生态安全方面作出了重大贡献。自然保护区建设蓬勃发展的同时，相关的法律制度也在不断完善，无论是在国家立法、地方立法还是在签署的各项国际条约上，都表现出我国对其建设的重视与推进保护区发展的迫切希望。但是，我们在维护生态环境、保障生态安全方面形势仍然严峻，自然保护区管理还存在一些突出问题需要从顶层设计、中央统筹的高度来应对与化解。
法律体系尚不完整，且存在冲突，面临诸多实施难题，需要进一步加强立法的科学性。自然保护区作为环境与资源保护工作的一个重要组成部分，却未明确规定在我国环境与资源保护的基本法——《环境保护法》中。尽管该法第29条的规定，即“国家在重点生态功能区、生态环境敏感区和脆弱区等区域划定生态保护红线，实行严格保护”等内容可以认为是对自然保护区的保护对象的罗列，但却并没有明确使用“自然保护区”的字样，对自然保护区的保护并不能直接适用，规定不够具体。因此，对于我国现行的自然保护区法律体系来说，无论是法律还是行政法规或规章，实际上是缺乏基本法的依据的。1994年，我国《自然保护区条例》颁布实施，这是目前对自然保护区的专门立法中，法律效力层级最高的一个文件。但关于自然保护区中的多种具体的自然资源，又还有国家的专门立法《土地管理法》《森林法》《草原法》《水法》《矿产资源法》等进行调整。这就要求对自然保护区进行管理时，既要符合《自然保护区条例》的要求，同时还需遵循其他法律的规定。同时，地方立法关于环境保护也有诸多内容，尤其是《立法法》赋予设区的市在环境保护方面的地方立法权，因此在实践中，关于同一内容，可能有多个层级的法律法规有所体现。从目前来看，无论是不同层级法规、规章之间，还是同一层级法规之间，都还存在着一定的冲突现象，给法律实施带来了障碍。例如，《自然保护区条例》规定，在自然保护区内禁止进行砍伐、放牧、狩猎、捕捞、采药、开垦、烧荒、开矿、采石、挖沙等活动。1997年，《新疆维吾尔自治区自然保护区管理条例》颁布，2018年《新疆维吾尔自治区自然保护区管理条例》修订实施。国家立法与新疆维吾尔自治区立法的争论焦点在于“放牧”的禁止性规定。按照国家自然保护区禁牧的规定，自然保护区内不再允许放牧。各级自然保护区不得不重新评估如何禁止放牧。由此，因实施禁牧而引发了不少民生问题，影响了自然保护区的设立和晋升工作的正常进行。
为了取得自然保护区良好的治理成效，必须有高质量的立法加以保障。科学立法的基本要求就是实事求是，根据自然规律和社会发展规律进行立法规制。为此，关于自然保护区“核心区”“一般区”的划定标准与区域设定，如何对各类不同地域和功能的保护区进行科学管理，应充分发挥地方立法的因地制宜优势，进行科学化精细化立法。按照严格保护原则，划定保护区的地域当然是越大越好。但是，即使是经过长期准确的监测，我们也不可能掌握动物全部的活动规律。为此，各个国家公园和重要的自然保护区，应在国家法律的统一框架下，建立与自身实际相符合的管理办法，才能科学高效地开展自然保护区的各项管理工作。
要进一步解决“保护”与“可持续利用”的价值平衡问题。联合国《生物多样性公约》是国际上生态保护最重要的公约之一，也是我国设立自然保护区的依据，但是其中的保护理念在我国的法律中体现得不够充分准确。保护的目标是为了可持续利用。根据《自然保护区条例》的规定，禁止进行砍伐、放牧、狩猎、捕捞、采药、开垦、烧荒、开矿、采石、挖沙等活动；核心区是禁止任何人为活动的。这种保护模式实际上将保护与利用割裂开来，实践当中很难落实。
党的十九大报告提出，我们要建设的现代化是人与自然和谐共生的现代化。这在一定程度上反映了我们在面对“保护”与“可持续利用”时要做到恰当的平衡。我国绝大多数自然保护区都是具有典型保护意义的物种及其栖息地，也往往是人与自然不断博弈、此消彼长或者和谐相处的区域。只考虑单方面的保护，完全放弃合理可持续的利用，反而可能使大量具有极高保护价值的生态区域得不到有效保护，造成重大生态损失。以新疆维吾尔自治区为例，各种类型的生态系统，与放牧都有着不同程度的关联，山地森林草原带往往是夏牧场，低山、荒漠平原、河谷一般是冬牧场。牧民们逐水草而居，取之于自然又回馈自然，是一种天然的轮牧方式，千百年来，人与自然和谐共生，已经构成了一个相对稳定平衡的生态系统，其中的动物、植物、微生物以及相应的食物链完备而且稳定。如果贸然简单地撤除人类活动，生态系统将会发生怎样的变化未可预料。因此，自然保护区的各项管理活动，应依据自然规律，尊重历史沿革，通过规范和限制人类活动的规模与范围，实现自然资源的可持续利用。这是立法理应兼顾的。
执法尚需加强对各区域的特殊考虑，要因地制宜，适当调整自然保护区的设置与规划。2016年起在全国范围之内开展的环保督察，是加强生态环境保护、推进生态文明建设的一项重大制度安排。近年来，通过环保督察，推动各地解决了许多比较大的生态环境问题，取得良好的环境治理成效。《自然保护区条例》的执法情况是环保督察的重点内容。但在环保督察过程中，少数环保督察组不了解自然保护区的实际情况和传统游牧文化，执法还存在欠缺灵活性的情况。有的时候根据法律条文按图索骥，要求整改，而对地方的现实情况未能因地制宜地考量。针对这一点，应当在保护区执法中进一步推进行政执法公示制度、执法全过程记录制度、重大执法决定法制审核制度等制度，细化行政处罚自由裁量权，从源头、过程、结果等关键环节约束和规范行政执法行为，防止执法的“一刀切”。需要说明的是，除了依靠严格执法，也要充分发挥人民的主体性和主动性。这也是联合国《生物多样性公约》所倡导的基本原则之一。保护区管理设计规划必须考虑当地居民可持续发展的利益和权利，重视当地居民对保护区有效管理的不可或缺的作用。
