在美国爱荷华州的林肯能源工厂，玉米被运输到这里后，被加工转化为乙醇。
生物燃料在未来能源战略领域会占据重要位置。目前，美国已投资1万亿美元用于石油的运输、调整等基础设施建设，生物燃料可直接利用这套系统，但想其他能源，如氢能则需建立一个新的网络，这使生物燃料具有了先天优势。
第一代生物燃料，将玉米转化为乙醇，每单位只能产出1.7个单位的能量，在投资上没有什么回报。实际上，玉米乙醇导致的碳排放量比汽油还高28%，同时还加剧了工农业产品，如农药、化肥对环境的影响。化肥中一氧化二氮（N2O）对环境的影响是二氧化碳（CO2）的300倍。
生物燃料对全球粮食体系有着重要的影响。目前，全球有33个国家有生物燃料需求，且以每年12%的速度增长。美国40%的玉米被用于制造乙醇，以满足美国可再生燃料标准。美国可再生燃料标准规定，汽油销售总量中必须有10%的乙醇，将来还会增加到30%。美国是全球最大的玉米出口国，这使得玉米价格上涨。同时，蛋类、牛奶和肉类等与玉米有关的食物的价格也上涨了。
在南半球，主粮价格的上涨会造成严重的营养不良。许多小型农场种植棕榈油、甘蔗等燃料作物，加剧了粮食短缺。为了获得更多的土地种植生物燃料，大型农场逼迫小农户离开自己的土地，使得土地纠纷不断升级。加之去年美国中西部的干旱，导致粮食供应进一步下降，价格因而涨得更高。粮食问题以后可能会更严重，而气候问题依然持续。
技术的改进可能会有助于解决这些问题。第二代生物燃料是将茎、叶等农业废弃物转化为燃料，它不会直接对食物系统造成威胁。并且其能源产出更多，约为36比1。但是，废弃物的使用会影响土壤肥力、减少土壤有机质、加速侵蚀。
第三代生物燃料是将藻类转化为燃料，它比陆基系统的太阳能转化装置的效率高10倍。当然，需要注意水的使用问题，但总的来说，藻类生物燃料被视为未来发展趋势。
目前，这些技术都还不成熟。为了缓解粮食系统的压力，专家们建议，各国要采取逐步、谨慎的方式增加生物燃料的生产，减缓新一代燃料的研究投资，说服生产者放弃囤积的粮食。在发展中国家，要加强土地所有权，保护小农业生产者，并采取适当措施保护国内免受全球粮食价格波动的影响。
