羚牛是一种大型牛科食草动物，属于山羊亚科。据估计，羚牛的数量只有7000-12000只，已被国际自然保护联盟(IUCN)列为濒危物种。根据生理特征和地理位置划分为4个亚种。秦岭羚牛（Budorcas taxicolor bedfordi）和四川羚牛（Budorcas taxicolor tibetana）仅限于中国，而贡山羚牛（Budorcas taxicolor taxicolor）分布于中国云南西北部的高黎贡山，到印度和缅甸。此外，不丹羚牛分布在不丹和中国西藏的雅鲁藏布江。秦岭羚牛与大熊猫（Ailuropoda melanoleuca）、金丝猴（Rhinopithecus avunculus）、朱鹮（Nipponia nippon）并称“秦岭四宝”，主要分布于中国秦岭地区，又叫金毛羚牛，属国家一级重点保护动物，被世界自然保护联盟列为易危级物种。现存种群数量不超过6000头，主要分布在秦岭山脉。然而关于羚牛在羊亚科中的生物学地位争论颇多，尚无定论。为了明确其分类学地位，需要在全基因组水平上进行进一步的分析。
秦岭羚牛
为此，西北农林科技大学昝林森和姜雨教授团队合作，通过基因组从头测序，成功构建了羚牛染色体水平的参考基因组（基因组大小为~2.95 Gb）。此外，对羚牛的系统发育关系、染色体进化、遗传多样性、种群历史和近交衰退进行了分析。这些信息将有助于了解羚牛的进化过程，并致力于其保护工作。
该研究成果于近日以题为“Chromosome-level Genome Assembly for Takin (Budorcas taxicolor) Provides Insights into Its Taxonomic Status and Genetic Diversity”发表在Molecular Ecology杂志上。西北农林科技大学李安宁副教授和博士研究生杨启蒙为该论文共同第一作者，昝林森教授和姜雨教授为共同通讯作者。陕西省林业科学院野生动物繁育研究中心（珍稀野生动物救护基地）雷颖虎、贾康胜共同参与了该项研究。
结果表明，羚牛基因组大小为~2.95 Gb，略大于牛~2.72 Gb、山羊~2.70 Gb或绵羊~2.63 Gb。此外，羚牛装配基因组与山羊和绵羊有良好的共线性连接。在该研究基因组装配中发现了554,037个SSRs，远远超过此前报道的在take转录组中发现的6222个SSRs。这些SSR标记可作为羚牛群体遗传分析和保护的分子标记。
系统发育结果表明，羚牛在线粒体基因组水平上与山羊和绵羊有密切的亲缘关系。然而，在基因组水平上，它与麝牛关系更密切。这表明线粒体进化与基因组进化不同，因为线粒体进化是独立于基因组进化的。该研究结果表明，羚牛在线粒体基因组水平上与山羊的亲缘关系最为密切，这与之前的研究一致。然而，从形态、生态性状来看，羚牛与麝牛具有较高的相似性。综合来看，它与麝牛关系更密切。
群体遗传学分析发现，秦岭羚牛遗传多样性值（H）为0.038%，远低于“秦岭四宝”之大熊猫（0.13%）、金丝猴（0.058%）和朱鹮（0.043%）。羚牛的近交系数（FROH）高达0.217，近交程度远高于大熊猫（0.09）、金丝猴（0.15）和朱鹮（0.19），需要高度关注。中国的特有动物羚牛和北极的麝牛是羊亚科中体型最大的动物，全基因组的系统进化分析表明羚牛与麝牛的亲缘关系最近，约800万年前分化开来，而不是绵羊或山羊等其它羊亚科动物。
该研究首次完成了秦岭羚牛的基因组从头组装和注释工作，揭示了羚牛的分类学地位及其极低的遗传多样性。这些研究结果对羚牛的保护工作具有重要的科学价值。（秦岭科学苑）
