9月13日08时，上海市气象局启动台风二级应急响应，应对台风“灿都”。
12日晚，市领导在市防汛指挥部听取了市气象局关于台风“灿都”影响的汇报，要求要密切关注台风动向，强化预测预报预警，加强联合会商，为防汛防台风指挥调度、抢险救灾以及应急预案调整提供可靠依据。
上海中心气象台于9月12日18时将台风蓝色预警信号升级为台风黄色预警信号，同时及时发布气象信息专报，持续为城市运行管理提供决策支撑。市气象局通过微信微博和地方媒体平台等渠道及时向公众发布台风实况信息及影响趋势，并引导公众科学防台风。
根据气象信息，市防汛指挥部将全市防汛防台风四级响应行动升级为防汛防台风三级响应行动。9月12日晚间，上海宣布，受台风“灿都”影响，9月13日下午和9月14日全天，中小学幼儿园停止教育教学活动，托育机构停止托育活动。9月13日起，上海浦东机场和虹桥机场通行能力将大幅下降，八成以上进出港航班将调减取消。申通地铁集团暂停运营上海地铁2号线东延伸（张江高科站至浦东国际机场站）、5号线、16号线、浦江线和磁浮线全线。
