目前尽管洪水已经退去，但首都在发展过程中遇到的基础设施落后、城市规划不合理、人口膨胀快速等诸多问题纷纷浮出水面。“迁都”的呼声再次高涨。当地一些朋友对本报记者表示，雅加达的城市发展具有不可持续性，它已经不适合承担行政首都的职能，应当把首都迁往其他地方。
水患是困扰雅加达的一大难题。此次大洪水使整个雅加达城一度陷入瘫痪，就连总统府也首次受到洪水侵袭。雅加达40%的陆地海拔高度低于海平面，并且地层在持续下陷。每当雨季来临，海平面上升，雅加达就面临洪水威胁。这次洪灾就是因为雨季降水量猛增，而雅加达落后陈旧的排水系统无力应对导致的。
此外，雅加达人口快速增加，建筑商的过度开发都加剧了城市内涝。世界银行的一份报告指出，雅加达经常受到洪水侵袭除自然、地理因素外，不合理的城市规划也是一个重要原因。如果政府不采取有效措施，到2025年，海水将向内陆倒灌5公里，届时，雅加达北部的老城将可能被淹没。
雅加达人口超过1200万，是世界上人口密度最大的城市之一。人口快速膨胀带来一系列问题，其中最突出的是交通拥堵。已有的公路系统在快速老化，新公路建设进展缓慢，无法满足城市发展的需求。雅加达目前没有地铁，公交车是主要的公共交通工具，但乘客人数逐年下降，私家车和摩托车的数量飞速上升。2011年，印尼成为东南亚地区汽车销量最多的国家。每到高峰时段，雅加达的主干道堵满了汽车和摩托车，半小时的路程往往要花费一个多小时，拥堵严重时要用两三个小时。
此外，环境污染、垃圾处理不彻底、犯罪率上升、缺乏可使用的水资源使雅加达不堪重负。当地公务员哈鲁对本报记者说，雅加达是有一定的承载界限，但不能把一切都放到这里。最好把雅加达作为经济中心，政府可以迁往印尼的地理中心中加里曼丹。而公司职员莫妮卡认为，迁都根本不能解决问题，迁都后政府是否有能力在新首都建设机场、港口等配套基础设施？
事实上，关于“迁都”的讨论由来已久。印尼第一位总统苏加诺曾提议将中加里曼丹省首府帕朗卡拉亚作为首都。他的继任者苏哈托则建议将首都迁至距离雅加达不远的绒果尔。现任总统苏西洛则提出三个方案：一是仍将雅加达作为首都，但必须彻底解决交通拥堵和洪灾等问题；二是仍将雅加达作为首都，但将政府机关迁往其他城市；三是在其他城市建造一座新首都。
有专家认为，雅加达的基础设施是印尼最好的，且这里有最大的港口和重要的航线。如果迁都，可能出现基础设施不足的短板。此外，迁都对一个城市的影响是多方面的。如果迁都到中加里曼丹，可能会对当地的热带雨林造成破坏，从而影响当地的生态环境。因此，政府必须做足功课，谨慎回应“迁都”呼吁。
