自2003年以来，由于生物燃料有助于减少交通温室气体排放，欧盟和英国在生物燃料方面投入了巨额资金，每年高达4.6亿欧元。但现在科学家们发现，许多生物燃料作物某种程度上增加了总体排放，此外还导致生物多样性消失，推高粮食价格激化贫困问题。（1欧元约合8.09元人民币）
据英国《卫报》报道，九月初欧洲议会将对是否修改生物燃料政策进行投票，其中将对间接土地利用方式、限制粮食作物作为生物燃料作物比例等议题进行表决。
由于土地垦荒、大量使用化肥和替代其他农作物，生物燃料作物间接导致温室气体排放增加。与此同时，许多土地从种植粮食作物转变为种植生物燃料作物，导致粮食价格上涨，粮食生产区发生转移。而粮食生产区发生转移引发多米诺骨牌效应，最终使东南亚热带雨林地区和南美洲、非洲的热带草原地区出现开荒耕种，间接改变当地的土地利用方式。
目前，雨林地区被开垦为耕种土地的确切面积尚无法确定。但将粮食作物加工为生物燃料将导致更大范围的土地开垦和大量的化肥使用。英国一年消费的生物燃料需要占用140万公顷农田种植燃料作物，而即使北爱尔兰地区的土地全部用来种植燃料作物，也仅能提供3%的交通燃油。如果欧盟忽视间接土地利用方式改变的问题，其生物燃料政策或将导致大量温室气体排放。
除此之外，农业生产范围扩大以及高强度种植也是威胁自然生态的重要问题。每年，上百万公顷的新开垦农田威胁着热带雨林、湿地和其他生物多样性丰富的栖息地。美国玉米生产地区是生物乙醇的主要供应地区，该地区大量含有化肥残留的地面径流导致墨西哥湾形成缺氧的“死水区域”。欧盟《可再生能源法案》虽然设置了可持续性标准，但不可持续的生物燃料仍然包含在内，只是不计入目标范围。此外，而且欧盟的标准也没有解决间接土地利用方式改变的问题，因此，生物燃料的市场需求仍在继续引发森林砍伐和生物多样性消失。
生物燃料的支持者认为，间接土地利用方式的改变对政策的影响太不确定。事实上，生物燃料的低排放特性是基于它替代和减少化石燃料使用的间接减排效应得出的。因此，如果不将生物燃料的间接碳成本纳入到其碳收益之内核算，争论是否支持生物燃料就是毫无意义。
下月初，欧洲议会将就生物燃料限制比例问题进行投票，计划限制5.5%的粮食作物作为燃料作物或者限制6.5%的交通燃料来自生物燃料的比例。限制措施的下限意在保护现有的就业机会，同时给生物燃料的投资者传递一个明确的政策信息。长远来看，政策制定者应当考虑将基于粮食作物的生物燃料作为交通燃料合理性的问题。
《卫报》称，合适的生物燃料及比例在能源组合中将起到积极的作用。政府应当持续支持高级生物燃料的发展，如基于废物生产的生物燃料以及非农作物的生物燃料。但即使“高级生物燃料”也必须保证不对生物多样性或其他农作物造成影响。（森林）
