随着各地复工复产工作逐渐展开，生态环境保护也将进入复工后的新阶段。
复工后，各地生态环境管理部门尤其是重点疫区，仍需继续做好疫情相关环境风险的应急处置与监管工作。加强对医疗废物产生、收集、转运、贮存、处置等环节的监管，确保医疗废物处置到位。同时，加强相关污水处置的监管与环境监测预警，严格控制病毒传播扩散。在疫情初步结束后，也仍会存在相关废物废水处置处理要求，应逐步完成安全处置，不能因为疫情的缓解而松懈。
开展复工后环境保护帮扶和监管工作，应突出针对性。一是进一步开展相关技术研发，加强病毒感染废水废弃物处理处置技术的科技攻关，鼓励相关环保企业和科研机构开展废水废弃物处理处置技术及应急处置装备的研发，研究制定相关环境技术规范。
二是大力推进在线监测监管工作，做好区域性传染病暴发环境风险预案，纳入平时环境风险演习训练中，做好N95口罩、防护服等防护物资保障，提升应急处置能力。
三是积极推进前期因疫情耽搁的环境行政审批工作，优化程序，协调进度，做好经济高质量发展的环境服务保障，尤其是做好高新技术、民生项目的环评审批等工作。
四是做好复工后企业污染物排放的环境监管。考虑到前期长时间停工造成的损失，一些企业为赶回被耽搁的工期，可能会延长工时，进而在短期内可能会出现超出原排污许可允许限值排污的情况。此外，一些企业因为经营恶化，可能会在环境成本上进行控制，这都需要环境管理部门在提前做好监管应对的同时，加强沟通，做好服务工作。
五是做好因疫情中断的部分环境治理工作的监管，一些第三方环保服务工作由于封城封村而暂停，如目前一些城市的河湖水体治理中常采用生态治理方法，疫情中水草打捞收割等工作被迫中断，已影响到治理效率和水质，应在复工后尽快加以督促推进。
有研究认为，人类活动范围的无序扩张会导致人类与野生动物栖息空间的交叉重叠，从而间接引发瘟疫。因此，应加强生态保护红线区保护、 监管，避免在开发过程中大规模侵占野生动物赖以生存的生态空间。同时，应以《生物多样性公约》第十五次缔约方大会在我国召开为契机，不断加强生物多样性保护。积极推进生物安全风险防控和治理体系的研究构建，支持相关研究机构进一步加强生物安全监管方面的支撑研究，全面提高国家生物安全治理能力。
