厦门市近年来始终坚持环境保护与经济增长并重、环境保护与经济发展同步，在保护环境中求发展，在发展中解决环境问题。坚持以环境保护工程项目带动环境保护，全面实施“蓝天、碧水”环保工程建设，努力提升和改善厦门的环境质量，塑造国家环保模范城市的新形象。
投入3.6亿元，推广新能源环保公交车
厦门市采取改善交通设施、强化机动车排气污染整治、加大重点污染源治理力度、推广使用清洁能源和实施污染治理代执行制度等综合手段着力改善空气质量，取得了一定成效。
改善交通设施，减少机动车尾气排放。为解决交通拥堵，减少油耗和机动车尾气排放，近年来，厦门市政府将机动车排气污染整治列入为民办实事项目，采取“制定规划、明确分工，强化领导、完善法规，提高标准、淘汰限行”等措施，淘汰更新公交、出租运营高污染车辆达6000多辆，更新车型全部达到国Ⅲ以上排放标准。2011年厦门市投入3.6亿元，推广使用新能源环保公交车辆。
厦门市完成了机动车双怠速和简易工况检测中心建设，建立和完善了机动车排气定期检验制度，全市汽车环保定期检测率达91%以上。积极推进简易工况检测法，完成了机动车检测排气中心建设。全面实行机动车环保准入、环保标志限行制度。加大路检执法力度，查处尾气超标车辆。同时，厦门市还充分利用特区立法权，制定并颁布了《厦门经济特区机动车排气污染防治条例》，于2012年6月5日正式施行，为厦门市全面提升机动车排气污染防治水平提供了有力的法律保障。
控制建筑工地道路扬尘污染。为有效控制建筑工地道路扬尘污染，厦门市采取开展人工降雨除尘、普及机扫或简易机扫的作业方式、建立文明施工审批制度、落实扬尘控制措施、建立扬尘污染控制考评检查制度等举措，确保扬尘污染控制落实到位。
积极推广使用电、天然气、脱硫乳化重油等清洁能源;逐步淘汰所有中小型燃煤和重油锅炉;大力开发可再生能源，建设城市新能源基础设施，投资总金额达6.5亿元，建设规模为年供气量达1.309万立方米/年的天然气供应设施，大力发展清洁便捷的城市公共交通，公交采用并逐步普及燃气和混合动力车辆，出租车推广使用CNG清洁燃料。
推广海水热泵、空气热泵等节能技术。为提升和改善环境空气质量奠定基础，2011年全市清洁能源使用率达57.37%。重点实施电力、集中供热和大型燃煤锅炉脱硫和烟尘污染治理工程;严格排污许可证制度，禁止无证排污，超标排污或超总量排污，有效地治理重点企业污染源。
开展水环境专项整治，保障饮用水安全
厦门市高度重视重点流域、重点区域环境污染综合整治，把饮用水水源保护和改善水环境质量和海域环境质量作为重点工作纳入议事日程，投入巨资，开展了以保护饮用水水源为重点的水环境专项整治，全面改善和提升了水环境质量。
创新“三联合”工作机制，开展九龙江流域污染综合整治。厦门市80%的饮用水取之于九龙江。近3年来，闽西南5地市领导先后3次召开联席会议，围绕区域生态环境保护、山海协作、互惠互利和可持续发展进行讨论和协商，签署了努力推进“二个保护(水源保护和生态保护)、三个联合(联合巡查、联合监测和联合治理)、四个协作(信息、技术、资金、排污总量)”的《闽西南五市区域环保工作协作书》，并不断完善工作机制。
从2003年至今，厦门市每年从市环保专项资金中拿出1000万元~3500万元，作为上游龙岩、漳州两地市开展九龙江流域综合整治专项资金。积极推进九龙江流域上下游生态补偿机制和流域交接断面排污总量控制责任制试点工作。全面实施北溪引水(龙海段6.4公里，厦门段2.6公里)和坂头水库明渠改暗涵工程建设，为确保饮用水源安全奠定了基础。
制定规划、落实措施，确保饮用水水源安全和达标。厦门市制定和调整了《厦门市集中式生活饮用水水源保护区规划》，完成了《厦门市镇级集中式生活饮用水水源保护区》划定工作;编制了《厦门市突发性水资源污染应急预案》和《厦门市城市公共供水突发事件应急预案》。2011年12月1日，市人大常务会十三届第三十三次会议通过了《厦门经济特区水资源保护条例》。
完成了重点饮用水水源一级保护区边界界碑设置和保护性设施建设，深化集中式饮用水水源地“生态修复、生态保护、生态治理”专项整治，拆除了重点饮用水水源保护区内的违章建筑。投入近10亿元，完成北溪引水左干渠44公里明溪改暗涵等工程建设，实现全线封闭输水，彻底解决沿途水质污染问题，提高了供水安全性。2008年~2011年，全市饮用水水源水质达标率分别为100%、100%、98.38%、100%。
投资15亿元建立水带绿色生态走廊
全面实施流域综合整治工程，改善地表水环境质量。近年来，厦门市高度重视流域水污染防治工作，成立了重点流域整治领导小组，编制和实施了《厦门市十条溪流流域综合治理与景观规划》。
2008年~2010年，为改善流域水环境质量，厦门市先后投入5.65亿元，对海沧区过芸溪、集美区深青溪和瑶山溪、同安区东溪下游河道等重点流域进行综合治理，共整治和清淤河道42公里。
从2011年开始，依据规划，厦门市一期投资15亿元，开展以溪流“生态重建”为重点，全面实施海沧内湖、过芸溪，集美深青溪、瑶山溪，同安东西溪等流域综合整治，营造溪流生态滨水景观，合理开发利用水资源，建立水带绿色生态走廊。
全面实施海域水产养殖清退与海湾生态修复工程。厦门西海域和环东海域污染综合整治面积达161平方公里，投入7.5亿多元退养资金，拆除海域内养殖网箱8.5万多箱，恢复湿地公园1.5平方公里。实施海域水产养殖清退与海湾生态修复工程，调整用海结构，确保了港口航运和滨海旅游主导功能的长期发挥，改善了海洋环境，形成了优美的滨海生活岸线和海洋生态景观。
