相较有固定的场所相对集中的城市大型农贸市场，广泛分布于农村或者城乡接合部的小型集市型农贸市场的环境治理监管难度要大得多。对其环境的规范整治急需加强。
农村或者城乡接合部的小型集市型农贸市场在形式上不集中，大都沿街或者沿河。活家禽交易活动中产生的家禽粪便，活禽屠宰过程中产生的废水以及腐烂变质的菜叶水果等如果得不到妥善收集处理，极易给环境尤其附近水体造成不同程度的影响和污染。
某县针对一主要河流超标问题，对河流开展了全面的排查。经梳理排查分析，其中某农贸市场是造成河流水质超标的重要污染源之一。通过现场调查了解，此农贸市场不仅不同程度地存在家禽粪便收集处理不及时、不到位的问题。同时，还存在利用河水清洗沾有家禽粪便等污染物的运输车辆、包装物，甚至将经营过程产生的废物直接倾倒到河中等现象，导致附近河段水体富营养化严重。为此，县政府及有关部门对这一市场进行了全面整治，大力提高废水、固体废物的收集处理，最大限度地降低贸易活动中产生的废物对河流水质的污染。
农村逢集式集贸活动是很多地方的历史传统，带有很强的传统习俗性。同时，其也可以繁荣农村经济，促进农民增收。对其采取“一刀切”方式全面取缔不可取。
治理农村集市污染，关键是要综合采取各种有效措施，立足现有条件和实际，逐步对其进行合情合理的规范整治。审批部门要科学合理规划选址尽量不要在河流、湖泊或者饮用水水源地保护区附近批准设立农贸市场，已有的不符合有关选址规划或者生态环境保护要求的要重新选址进行搬迁。
负有执法管理的部门要落实相关的监管服务职责。行业管理部门要通过逐步配套完善相关的污染防治设施等，提高污染物尤其是水污染处理能力。比如可以借鉴一些地方农村生活污水治理的经验做法，通过建设小型污水处理设施对污水进行必要的收集处理。
