国家卫健委组织专家研究发现，在部分省份报告的确诊病例中，粪便标本检测到新冠病毒核酸阳性。这意味着新冠肺炎存在“粪口传播”的可能性。切断粪口传播的一个重要方法，就是对疫情医疗污水和城镇污水进行安全处置。
中国疾病预防控制中心研究员冯录召表示，所谓“粪口传播”，指的是被患者粪便等污染的食品、水，进入人体消化道而造成感染。“病从口入”就是粪口传播的通俗说法。会粪口传播的传染病并不少见，比如手足口病、霍乱等。尽管从目前情况看，新冠病毒的主要传播途径是经过呼吸道飞沫传播、接触传播，还不能确定能否通过进食被病毒污染的食物或水，引起感染或传播，但是当前防控工作已经充分考虑了粪口传播途径的风险。
以备受瞩目的武汉火神山医院和雷神山医院为例，两家医院都会对污水进行严格的两次消毒处理。为了避免污水暴露在空气中，医院会第一时间将污水收集到密闭储罐，然后进行二级强化消毒、二级生化处理等工艺处理，达标后再排入市政管网。为了以防万一，火神山医院还配备了“一用一备”两组污水处理系统。如果一组系统发生故障或进行检修，仍有一组系统可用，从而实现双保险。
此外，在疫情较轻的行政区域内，医疗机构、接纳医疗污水的城镇污水处理机构也提前做好了应对准备。
例如，疫情相对较轻的贵州省，据贵州省环境应急专家胡文研究员介绍，用于集中救治确诊病人的贵阳市公共卫生救治中心将军山院区，“废水从排出到处理合格，要经过预消毒、化粪池、调节池等7道严格的工序，经系统检测合格后才能排出。并在污水处理站前面增加了预消毒，后面加了次氯酸钠消毒，最后又加上紫外线消毒环节。在次氯酸钠消毒池内，设计的停留时间是3.5个小时，比平时增加了一倍还多。为的就是确保杀死细菌和病毒后才能排放。”
与城市相比，农村的环保基础设施较为薄弱。全国人大农业与农村委员会委员魏后凯表示，现在接近80%的村庄没有对生活污水进行任何处理，这些年来加大了农村改厕的力度，农村厕所的改造推进很快，但是污水处理没有跟上。
面对新冠肺炎疫情，农村医疗污水处置能力不足问题也暴露出来。
生态环境部日前发布的《关于做好新型冠状病毒感染的肺炎疫情医疗污水和城镇污水监管工作的通知》要求，加大农村医疗污水处置的监管力度、禁止医疗污水进入农田灌溉渠道、防范医疗污水污染饮用水源、加大重点场所监督检查力度、做好信息发布共享。
中华预防医学农村饮水与环境卫生专业委员会研究员张琦表示，目前要严防疫情从城市向农村蔓延。由于农村居民缺乏相关卫生知识、个人卫生行为不足等原因，农村地区的病毒“粪口传播”风险比城市高。对于农村社区小型污水处理设施、乡镇卫生院和村卫生室等特定对象、场所需要采取适宜的消毒和卫生管理措施。
