中国转基因技术的发展经历了两个阶段：
第一个阶段是1986年~2000年，从国家“863计划”启动开始。此阶段的主要目标是，追踪世界科技前沿，鼓励模仿世界先进技术。主要研究工作是基因的克隆、植物转化，还包括一些初期的产业化尝试。
21世纪，我国进入了转基因发展的第二个阶段，此一阶段的目标为：从部分自主创新到全面自主创新阶段，并实现大规模产业化，最终建立起我国农业生物技术产业。
据中国科学院遗传与发育生物学研究所研究员朱祯介绍，在此期间，我国开展了基因组计划，并率先完成了水稻基因组的图谱构建工作，标志着中国已经进入到世界基因组学研究的前列，引起世界的高度关注。
与此同时，中国开展了农作物功能基因组研究，并在世界产生了重要影响。一大批有重要应用价值的功能基因已被克隆，包括高产、抗逆、优质等决定重要农艺性状的基因，为培育具有自主知识产权新型转基因作物品种奠定了基础。
