对昆虫物种的研究可以从遗传研究中受益。然而,基因样本通常很难以非侵入性的方式收集,尤其是当昆虫只在特定地点发现或濒临灭绝时。
一些昆虫,如蝉,在称为蜕皮的过程中,作为正常生长的一部分,会脱落其外部坚硬的“外骨骼”。留下的结构称为exuviae。蝉蜕皮留在树干上,很容易收集。Exuviae 过去曾被用于线粒体、细胞的小而普遍存在的部分的一些遗传研究,但之前的研究未能从 exuviae 中分离出核 DNA 并对其进行测序。
当只有非常小的 DNA 样本可用时,可以通过称为 PCR 或聚合酶链反应的过程增加或“放大”样本的大小。PCR 可以制作数百万个 DNA 小样本的拷贝,从而为详细研究提供足够大的样本。现在,筑波大学的一个团队测试了五种不同的 PCR 方法来扩增从蜕皮中分离的 DNA 以进行测序。
该团队专注于测序微卫星,即特定 DNA 模式重复多次的基因组区域。这些区域是很有前景的目标,因为它们可以从少量 DNA 中扩增出来,而且该过程具有成本效益。微卫星也表现出很大的变异性,并且已经作为有效的遗传标记用于分子生态学研究。
首先,该团队从蝉蜕皮中分离出 DNA,并使用不同的 PCR 方法扩增样本。然后,他们将结果与从成年昆虫身上采集的结果进行比较,以检查所生产样品的质量。从使用名为TaKaRa LA Taq聚合酶的酶进行的 PCR 反应中可以看到最好的结果,该反应产生的 DNA 样本与从成年昆虫中分离的样本相当。最好的结果也见于新鲜的蜕皮。
“我们的工作表明,从蝉蜕中分离的 DNA 可以通过 PCR 扩增,蝉蜕提供的样本质量足够好,可以对多个独立的核 DNA 微卫星标记基因座进行基因分型。这种方法对于评估非常有用在持续的气候变化下,森林昆虫物种的种群遗传结构和人口统计学与保护和生态系统相关,”资深作者 Yoshiaki Tsuda 解释说。
这项研究对昆虫科学做出了重大贡献,因为这里的方法不仅适用于蝉,还适用于任何其他蜕皮离开蜕皮的昆虫物种。
这项工作得到了长野县科学活动促进基金和日本科学促进会 KAKENHI(授权号 15K18603)的支持。