沼气能源生态农业模式就是以沼气为纽带，实现物质多层次利用、能量合理流动的高效农业生产方式。具体模式是以企业为龙头，以沼气为纽带，对沼气、沼液、沼渣的多层次利用的“养殖—沼气池—种植”循环发展生态农业模式。这种模式使沼气池和农业生产紧密结合起来，既获得了清洁能源，又改善了农村卫生环境、实现了节能减排，是发展绿色种养业、实现两型社会（资源节约型和环境友好型）的有效途径。
沼气能源生态农业模式在现阶段的发展中还面临着诸多难题：首先，观念转变的难题。当前沼气综合利用技术推广应用的最大难题与障碍还是观念上的问题。具体表现：一是领导的观念转变不够，对沼气综合利用技术还未引起应有的重视。二是公众对沼气综合利用技术的关注不够，尚未形成全社会积极参与和支持沼气综合利用技术推广应用的良好环境。三是由于农民的观念较为封闭落后，大多对绿色生产技术缺乏认识。其次，体系支撑的难题。目前，乡镇一级大多没有沼气等可再生能源的管理机构和专门人员。基层管理和技术服务机构的缺失，严重制约了沼气综合利用技术的推广与应用。再次，资金保障的难题。尽管国家对沼气池建设有了一定的补助，但因近年来材料与工价都大涨，国家的补助标准相对较低，因此，难以激发农民的建设积极性。同时，国家对沼气综合利用技术的推广与应用未设立补助，这在很大程序上也制约了沼气综合利用技术效果的发挥。
因此，首先，加强组织领导。加大对乡镇一级组织的领导和相关工作人员的督促检查，组建县、乡镇（街道）、养殖小区或场（户）多级沼气生态农业工作组织网络。其次，要加大对沼气能源生态技术综合利用的支持。要按照规模化、产业化的思路，在沼气池建设政府引导、政策激励的基础上，加大对沼气生态技术综合利用的支持，积极推进以沼气能源为纽带的生态农业建设，充分发挥沼气能源综合效益。第三，要加强沼气能源宣传培训，提高管理水平。宣传沼气的经济、生态和社会效益，宣传沼气在建设资源节约型社会、发展循环经济中的作用，宣传发展沼气与建设社会主义新农村的关系。培训沼气能源建设的新技术、新工艺，普及沼气池科学管理和安全使用知识。通过全方位、深层次、经常性的宣传培训，进一步提高广大干部群众认识水平，建设高层次、高标准沼气能源生态工程。另外，就是要尽快建立健全沼气能源生态工程管理服务体系。
