自党的十八届三中全会以来，国家公园体制建设正在成为推动自然保护地体系改革的突破口和切入点。近年来，国家公园体制试点正有条不紊地推进，传统的自然保护地体系不断改革。与国际通行的分类体系相比，中国特色的国家公园是保护等级最高的一类自然保护地，并且强调坚持“山水林田湖草是一个生命共同体”的理念，对国家公园内的生态系统进行整体性、系统性保护，最终实现人与自然和谐共生。因此，在自然保护地体系改革中，需坚持以中国特色的国家公园为引领。
推进自然保护地体系科学合理、慎重稳妥地整合归并优化。2019年印发的《关于建立以国家公园为主体的自然保护地体系的指导意见》中，明确了14类被列入整合归并优化范围之内的自然保护地，即现有的自然保护区、风景名胜区、地质公园、森林公园、海洋公园、湿地公园、冰川公园、草原公园、沙漠公园、草原风景区、水产种质资源保护区、野生植物原生境保护区（点）、自然保护小区、野生动物重要栖息地等，并要求对这些自然保护地开展综合评价，按照保护区域的自然属性、生态价值和管理目标进行梳理调整和归类，逐步形成以国家公园为主体、自然保护区为基础、各类自然公园为补充的自然保护地分类体系。
整合归并优化自然保护地，应按照全面开展调查评估、妥善解决历史遗留问题、制定分区管控办法、整合设立国家公园、整合交叉重叠保护地、归并优化相邻保护地、评估新建保护地、开展勘界立标、构建协调管理机制等要求，在确保“保护面积不减少、保护强度不降低、保护性质不改变”的前提下，实现一个自然保护地一个牌子。在具体操作过程中，应坚持科学合理、慎重稳妥的原则，既不搞简单归并重组的“数字游戏”，也不搞行政强制整合归并，真正形成以国家公园为主体的自然保护地体系。
建立自然保护地统一分级管理和部门协同管理相结合的体制。目前，自然保护地体系在一定程度上面临着类型复杂、数量众多、管理难度大等问题。解决好这一问题，必须建立统一分级与部门协作的管理体制。
首先，坚定不移地理顺现有各类自然保护地和自然资源管理职能，将以前分散在各部门的自然保护地和自然资源管理权限统一交由国家公园和自然资源管理部门集中行使，整合组建统一的自然保护地管理机构，明确机构行政级别、职责配置、人员编制、技术规范等。其次，结合自然资源资产管理体制改革，理顺中央和地方权责关系，合理划分中央和地方事权，将自然保护地按照生态功能重要程度划分为中央直接管理、中央与地方共同管理、地方管理三个层次，实现分级设立、分类管理。再次，创新部门横向协调机制，在系统梳理国家公园和自然资源管理部门与农业农村、生态环境、住房和城乡建设、水利等部门的自然资源资产管理职责的基础上，科学界定部门职责，根据自然资源属性进行专业化管理，构建主体明确、责任清晰、分工合作的自然保护地部门协同管理机制。最后，协调好自然保护地管理机构与所在地方政府之间的关系，地方政府行使辖区经济发展、公共服务、社会管理、市场监管等职责，自然保护地管理机构负责自然资源和生态环境保护等工作，形成两者间职责明确、密切配合的协作关系。
完善自然保护地差别化管控和社区参与共建共管机制。对包括国家公园在内的自然保护地实行最严格保护，是在尊重规律的前提下实行最科学的保护，其中差别化管控和原住居民保护就是题中应有之义。最科学的保护就是最严格的保护。
根据各类自然保护地功能定位，国家公园、自然保护区被分为核心保护区和一般控制区。核心保护区不是划定得越大越好，而是应实事求是。一般而言，核心保护区除经批准可开展管护巡护、科学研究、资源调查、灾害防控、退耕还林还草还湿、生态廊道建设、必要的科研监测保护设施建设、重大生态保护修复工程建设等活动外，原则上禁止其他人为活动。一般控制区原则上严格禁止开发性、生产性建设活动，但可以开展对生态功能不造成破坏的有限人类活动。
然而，由于我国人口众多、历史悠久的特殊国情，即使在青藏高原也有人类活动近万年的发展历史，这使得在一些区域可以采用季节性功能分区管控的方式来实现人与自然的和谐。比如，若对核心保护区内夏季草场完全采取禁牧方式，不仅往年的枯枝落叶会引发草原火灾隐患，而且对牧草的自然生长也会产生不利影响，这样季节性放牧就成为最科学的方式。所以，在自然保护地制定差别化管控方案时，可在不影响生态系统健康和相关物种生存、繁衍的前提下设置季节性管控区，分时段动态管理人类活动，即在野生动物迁徙季节时严格管控，其他季节可适当开展不影响生态功能的有限人类活动。在自然保护地内生活的原住居民可能会破坏生态，也可能成为生态保护的重要依托，关键在于改变他们的思想观念和行为方式。通过把自然保护地内的原住居民聘用为生态管护员，建立社区共建共管机制，一方面可以让他们从保护生态环境中受益，另一方面也有助于发挥传统文化保护生态的积极作用。
健全自然保护地以中央财政投入为主的多元化资金保障机制。以国家公园为主体的自然保护地体系是全民性事业，也是公益性产品，理应由财政保障。改革开放以来，中央政府对自然保护地体系建设投入了大量的资金和项目，取得了显著的成效。然而，为满足广大人民群众对良好生态环境不断增长的需要，自然保护地管理部门在履行严格生态保护责任的过程中资金缺口日益增大。建议在规范项目资金投入的基础上，通过全面分析生态保护与建设、资源占用与开发、限制发展机会与发展权等方面的因素，完善生态保护补偿机制，特别是结合第三次全国国土调查最新成果，加快研究建立森林、草原、湿地等重要自然资源补偿新机制，争取补偿范围和标准有新提高。
除了政府资金外，还应充分运用在生态系统约束下市场机制的作用，把自然保护地的“绿水青山”转化为“金山银山”，这也是解决资金缺口的重要途径。一是通过构建物质产品、调节服务和文化服务价值的核算指标体系，科学核算自然保护地“生产”的生态产品价值总量。二是通过充分调动有担当、会经营、爱环保的企业家群体的积极性、主动性、创造性，加快建立生态产品价值实现机制，全力打造以生态产品为核心要素的生态产业体系。三是尝试开展用水权、排污权、碳排放权等交易活动，开展流域内横向生态补偿探索，将潜在的生态优势真正变成“金山银山”。四是加快构建基于债券、基金、信贷、保险、碳金融等在内的绿色金融体系，提升绿色经济增长潜力。五是遵循合法、自愿、诚信、非盈利的原则，建立规范有序的社会捐赠制度体系，不断拓宽募集公益资金的渠道。
